名称　ハプロタイプ頻度推定ソフトウエアHFES

略称　HFES

ソフトウエア概要　HLAのように多数の対立遺伝子を持つ遺伝子座が連鎖している場合に、集団中のハプロタイプ頻度を推定するためのプログラムです。2遺伝子座から最大で5遺伝子座までのハプロタイプ頻度を、EMアルゴリズムによって求めます。
・ソースプログラムの他に、WindowsとLinux環境でコンパイルした実行ファイルがあります。
・ドキュメントとテストデータも付属しています。
・マルチコアの計算機では並列計算を行います。

言語　C/C++

利用条件　表示 - クリエイティブ　コモンズ

参考文献
Imanishi T, Akaza T, Kimura A, Tokunaga K, and Gojobori T (1992) Estimation of allele and haplotype frequencies for HLA and complement loci. In HLA1991 Vol. 1 (K. Tsuji et al. ed.), 76-79, Oxford University Press, Oxford.
今西 規、徳永勝士、赤座達也、吉田孝人（1991）日本人集団におけるHLAの対立遺伝子頻度とパプロタイプ頻度、今日の移植　4 suppl.2:147-185.
Yasuda N and Tsuji K (1975) A counting method of maximum likelihood for estimating haplotype frequency in the HL-A system. Japanese Journal of Human Genetics 20: 1-15.

データ提供者
今西　規
東海大学医学部基礎医学系分子生命科学
Email: imanishi [at] tokai.ac.jp

最終更新日（調査日）　2012/3/14 (2015/10/09)

公開サイト　http://dbhla.jp/sw_hfes.html

ダウンロードサイト
・Windows用実行ファイル（これのみで実行可）
・Linux用実行ファイル（ソースのコンパイルが必要です）
・ソースプログラム
・ドキュメント（準備中）
・テストデータ（準備中）